Vào tháng 3 năm 1812, José de San Martín trở về Argentina và nhận nhiệm vụ xây dựng và huấn luyện quân khởi nghĩa. Sau thời gian huấn luyện, nghĩa quân Argentina đã tiến lên trên đà phát triển.[7]

Vào ngày 03 tháng 2 năm 1813, ông chỉ huy một trung đoàn kỵ binh của quân khởi nghĩa tổ chức một cuộc phục kích quân Tây Ban Nha ở làng San Laverenso, phía bắc thành phố Rosario và dành thắng lợi đầu tiên. Trong hai năm 1813 và 1814, San Martín tiếp tục chỉ huy cánh quân phía Bắc tác chiến ở miền bắc Argentina cho đến khi bệnh tật buộc ông phải từ bỏ các hoạt động quân sự.

Tháng 3 năm 1814, San Martín gửi thư cho Ủy ban chấp chính Argentina và nêu rõ tư tưởng chiến lược của cuộc khởi nghĩa là thông qua Chile tấn công vào Peru qua đó triệt để giải phóng Nam Mỹ. Chiến lược này được chấp nhận và đến tháng 8 năm này, ông được cử làm tỉnh trưởng tỉnh Coyork, là nơi tiếp giáp với Chile, từ đó, San Martín bắt tay vào tổ chức và xây dựng lực lượng quân đội chính quy.[7]

Trải quan hơn hai năm dày công khó nhọc, dựa vào kiến thức lý luận và thực tiễn đã được tiếp thu khi còn ở Tây Ban Nha và nhận được sự hỗ trợ về mặt đất đai rộng lớn trong khu vực này, tận dụng lợi thế của nông nghiệp ở đây và giúp đỡ quân đội Chile, San Martín đã thành lập được một đội quân chính quy tinh nhuệ có tên là "Nghĩa quân Andes" do chính ông trực tiếp nắm giữ chức Tổng tư lệnh. Quân số của đội quân này khoảng 4.000 người trong đó có 3.000 bộ binh, 700 kỵ binh, còn lại là pháo binh một số nhân viên cần vụ.[9]

Trận Chacabuco

Sau khi thương lượng với lãnh tụ của phong trào kháng chiến tại Chilê là Bernardo O'Higgins, lãnh tụ José de San Martín đã vạch ra kế hoạch tác chiến, chia nghĩa quân làm 4 đạo vượt qua núi Andes bất ngờ tấn công quân xâm lược Tây Ban Nha.

Vào tháng 2 năm 1817, San Martín bắt đầu chỉ huy đội quân viễn chinh không tưởng, vượt qua núi Andes với độ cao hơn 5.000m so với mực nước biển, bất ngờ xuất hiện trên lãnh thổ Chile. Cuộc vượt núi Andes anh dũng của ông từng được so sánh với cuộc vượt núi Anpơ của danh tướng Hannibal và Hoàng đế Napoléon Bonaparte.[4] Quân Tây Ban Nha vô cùng bất ngờ và phải chấp nhận giao tranh trên đỉnh núi Chacabuco và cuối cùng phải chịu thất bại nặng nề. Quân khởi nghĩa đã giết sạch 500 quân Tây Ban Nha, bắt được 600 tù binh và chiếm lĩnh được tất cả các cờ hiệu, và hai lá quân kỳ của quân Tây Ban Nha. Tuy nhiên, quân khởi nghĩa cũng phải hy sinh 12 quân.[10]

Trận chiến Chacabuco có ý nghĩa quan trọng về mặt quân sự và chính trị, là một thảm họa đối với chế độ thực dân Tây Ban Nha.[10] Chiến thắng này giải tỏa được mối đe dọa của thế lực thực dân Tây Ban Nha trước nền độc lập của Argentina. Bắt buộc quân Tây Ban Nha phải co cụm về tuyến phòng thủ ở Peru chính vì vậy, trung tâm của cuộc chiến tranh giành độc lập ở Nam Mỹ chuyển dịch về phía bờ biển Thái Bình Dương.

Quan Tổng đốc xứ Peru là Pesuera nhận định rằng trận đánh đó đánh dấu sự mở đầu của quá trình sụp đổ của Đế quốc Tây Ban Nha ở Nam Mỹ và quyền lực của thực dân Tây Ban Nha lung lay đến tận gốc rễ.[11]

Các chiến dịch tiếp theo

Sau chiến thắng vang dội tại Chacabuco, Nghĩa quân Andes tiếp tục phát huy thắng lợi, tổ chức tấn công thành phố Sandiago, bắt sống quan Tổng đốc Tây Ban Nha là Valdivia. Vào ngày 14 tháng 2 năm 1817, San Martín dẫn đầu đoàn quân khải hoàn tiến vào thành phố và được nhân dân Chile nhiệt liệt đón chào. Ông từ chối chức vụ cao nhất ở Chilê và đề cử O'Higgins đảm nhiệm chức vụ này.[11]

Sau nhiều khó khăn, thách thức, vào ngày 5 tháng 4 năm 1818, liên quân Argentina và Chile lại lâm chiến với thực dân Tây Ban Nha trong trận đánh quyết định tại Maipó.[12] Quân Tây Ban Nha một lần nữa thất bại, nhờ đó củng cố thêm quyền kiểm sát của quân khởi nghĩa đối với Chilê. Tài năng chiến thuật xuất sắc của José de San Martín một lần nữa lại được thể hiện qua chiến thắng tại Maipó. Cũng giống như Epaminondas, ông chỉ đại thắng trong hai trận chiến lớn, và trong cả hai trận thắng này ông đều thực hiện chiến thuật "đánh dọc sườn" (oblique movement) của vị danh tướng Hy Lạp cổ đại này. Đại thắng tại Maipó là một đòn giáng chí tử vào nhuệ khí của thực dân Tây Ban Nha tại nhiều nơi ở châu Mỹ.[13]

Các chiến dịch ở Peru

Kế hoạch tác chiến tiếp theo đó của José de San Martín là tấn công Peru từ đường biển. Để thực hiện kế hoạch này, San Martín đã tuyển mộ một số chuyên gia thông thạo về hải quân như: Thomas Cochrane, Huân tước Anh, nguyên là sĩ quan Hải quân Hoàng gia Anh Quốc để giúp đỡ cho ông tổ chức hạm đội Hải quân.

Tháng 8 năm 1820, San Martín chỉ huy quân viễn chinh xuất phát từ hải cảng Valparaiso tiến lên phía Bắc, vượt qua 1.500 hải lý trong vòng 18 ngày. Ngày 07 tháng 9 năm 1820, San Martín đã đến vịnh Paracat. Sau khi đổ bộ thành công, ông chia quân làm hai cánh. Một cánh do Alvarez de Arenales chỉ huy tiến theo đường bộ đánh chiếm thành phố Pasco vào thượng tuần tháng 12, cắt đứt mối liên hệ giữa Lima và nội địa.[14]

Cánh quân thứ hai do đích thân San Martín chỉ huy quân chủ lực tiếp tục tiến lên phía bắc theo đường ven biển và đổ bộ vào đất liền tại cảng Ancom, cách Lima 36 km về hướng Bắc, sau đó giải phóng một vùng đất rộng lớn ở phái Bắc Peru. Lo sợ trước sự tấn công mạnh mẽ của nghĩa quân, quan Tổng đốc Tây Ban Nha Laserna dẫn tàn quân bỏ thành trốn chạy.[15]

Vào ngày 12 tháng 7 năm 1820, San Martín tiếp quản thành phố Lima. Ngày 28 tháng 7 năm đó, Peru tuyên bố độc lập khỏi Tây Ban Nha và thành lập chính phủ mới, San Martín được phong là Hộ quốc công, nắm quyền chỉ huy tối cao về quân sự và hành chính.[16] Cùng năm, ông thiết lập Thư viện Quốc gia Peru. Hộ quốc công đã gửi bộ sưu tập sách của ông vào thư viện này. Sau cuộc họp của Quốc hội Peru, ông từ chức.

Hội đàm với Bolivar

Sau một thời gian hoạt động tại Peru, tháng 7 năm 1822, José de San Martín đến Quayaquyn để hội đàm với Simon Bolivar - Người được mệnh danh là người giải phóng khu vực miền bắc Nam Mỹ" về nội dung là những cuộc tấn công cuối cùng vào quân Tây Ban Nha ở Nam Mỹ và việc bố trí, sắp xếp sau khi kết thúc chiến tranh. Trong vòng hai ngày hai vị tướng quân đã tiến hành ba buổi bí mật hội đàm nhưng không hề để lại bất cứ một biên bản nào. Sau hai ngày hội đàm, San Martín rời khỏi Quayaquyn, phó thác lại sứ mệnh tấn công Tây Ban Nha cũng như bố trí về mặt chính trị cho Bolivar thực hiện.[17]